La muerte de Rafael Valentín Valdivieso, quien fue Arzobispo de Santiago entre 1845 -1878, enfrentó las posturas regalistas del gobierno y la defensa de la autonomía de la Iglesia para nombrar sus autoridades. En 1882, cuando gobernada el Presidente Domingo Santa María, los desacuerdos para elegir al nuevo Arzobispo de Santiago culminaron con la expulsión de Chile del enviado Papal y la ruptura de las relaciones diplomáticas con la Santa Sede. Los hechos causaron una gran fisura incluso al interior del liberalismo, pero el gobierno de Santa María aprovecho la atención para someter a aprobación una serie de leyes que significaban el fin de la excesiva influencia de la Iglesia en la sociedad, especialmente en la constitución legal de la familia.En 1883 fue aprobada la ley de cementerios laicos, y en 1884 la de matrimonio y registro civil. En adelante, funcionarios del Estado, serian los encargados de llevar los registros de nacimientos, matrimonios, y defunciones, independientemente de los registros parroquiales.
El entusiasmo liberal llegó incluso a plantear la necesidad de separar la Iglesia del Estado, pero en este aspecto no hubo consenso. Esto ocurriría solamente con la vigencia de una nueva Constitución en 1925.
